一向给人快人快语印象的朱镕基，在台湾2000年总统大选、首次政党轮替前3天，竖著眉毛、提高声量警告“台独”的那一幕，最为台湾人知晓。
2000年3月15日，当时中国总理朱镕基在中国全国两会的总理记者会上对台湾大选的威胁警告，导致隔日台股盘中跌近400点，更引来蓝绿强烈反弹。
当时新加坡联合早报记者在总理记者会上获得发问机会，询问朱镕基对“民进党的候选人陈水扁形势、声势看涨”一事发表看法。
朱镕基先是作态想了一下，接著举起右手、伸出食指向上指并缓缓说道：“台湾的选举是地方性选举，是台湾人民自己的事情，我不想干预，但是我们必须讲清楚，不管谁上台，绝对不能搞台湾独立。”
他当时宣称，任何形式的台湾独立，都不能允许，“这就是我们的底线”，也是12.5亿中国人民的心声，绝不承诺放弃使用武力统一，“谁赞成一个中国原则，我们就支持谁”、“谁要是搞台湾独立，你就没有好下场”。
朱镕基指出，1840年鸦片战争以后，中国的一部近代史就是受外来侵略势力欺侮凌辱的历史。台湾也是多年处在日本军国主义者的统治和占领之下。回想当年，中国是何等的积贫积弱，但还是喊出了“起来，不愿做奴隶的人们”， 并为此进行了前仆后继的英勇斗争。
“抗战全面爆发时，我只有九岁，救亡的歌曲，现在我还记得清清楚楚。每逢唱这些救亡歌曲的时候，我的眼泪就要流出来， 我就充满了要为祖国慷慨赴死的豪情。”
朱镕基说：“今天中国人民已经站起来了，我们能够允许自古就属于中国领土的台湾从祖国分裂出去吗？绝对不能！”
2000年总统大选战况激烈，民进党籍候选人陈水扁与脱党参选的宋楚瑜呈现五五波，而朱镕基的恫吓，虽旨在左右台湾选民的意向，最终仍由陈水扁以不到3个百分点的得票率差距险胜，从国民党手中接下总统大位。
朱镕基的这段讲话被视为是中共意图影响台湾选举的“失败操作”。在这之后，中共对以武吓方式动摇台湾民意倾向开始有了忌惮，对台湾选举的发话开始节制。