43 hospital di Wilayah Kumamoto menghadapi gangguan bekalan elektrik, kekurangan air, serta gangguan bekalan gas perubatan akibat gempa bumi. Pesakit terpaksa dipindahkan segera ke hospital lain, dan para petugas kesihatan menyatakan "di sini kini seperti hospital medan".
Di Bandar Yatsushiro, Uki, Kumamoto dan beberapa tempat lain, hospital telah rosak akibat gempa dengan kejadian putus bekalan elektrik. Sesetengah hospital memohon orang awam supaya, kecuali dalam kes kecemasan, mengelak untuk datang mendapatkan rawatan pada 29hb, dan telah menangguhkan semua perkhidmatan kemasukan wad yang ditempah, demi mengekalkan operasi sistem perubatan hospital.
Ramai orang awam yang mengalami patah tulang akibat perabot tumbang ketika gempa telah dihantar ke hospital. Sebuah hospital di Minami Kawasan, Kumamoto yang mempunyai 400 katil kini hampir penuh, dan perlu berkoordinasi dengan hospital berhampiran untuk menerima pesakit.
Hospital Selatan Kumamoto di Matsubashi-cho, Ukishi juga terputus bekalan elektrik akibat gempa, dan terpaksa menghentikan operasi mulai tengah malam 29hb, serta memindahkan semua pesakit ke hospital lain dengan segera. Bagi mengelakkan kerosakan lebih teruk akibat gempa susulan, katil pesakit buat sementara dipindahkan ke luar bangunan dengan alas diletakkan untuk pesakit menunggu.
Pihak pengurusan hospital berkata bahawa hospital itu kini ibarat hospital medan, dan mereka sedang mencari hospital yang boleh menerima pesakit. Sesetengah pesakit memerlukan mesin bantuan pernafasan, namun kini hanya bergantung pada dua buah penjana kecemasan untuk membekalkan elektrik kepada mesin bantuan pernafasan dan alat sokongan hayat lain.