熊本县43间医院因地震而面对停电、缺水、医用气体供应中断等困扰，需紧急转移病患到其他医院，有医护人员直言“这里现在就像野战医院”。
八代市、宇城市、熊本市等地均有医院在地震中损毁，出现停电等情况。部分医院呼吁民众除紧急情况外，29日尽量避免前往就诊，并已暂停所有预约住院服务，以维持医院医疗系统的正常运转。
大量民众在地震中因家具倒塌导致骨折等被送院，熊本市南区一间医院有400张病床，但已经接近饱和，需与附近医院协调能否接收病人。
宇岐市松桥町熊本南医院也因地震导致停电，29日午夜起停止运作，需紧急把所有住院病人转移至其他医院。为防止余震造成更大损害，病床暂时搬到室外，铺上垫子供病人等候。
医院负责人说，该院现在就像野战医院，院方正寻找能够接收病人的医院。有些病人需要呼吸机，但目前只勉强依靠两台应急发电机为呼吸机和其他生命维持设备供电。