Pada 14 haribulan, pihak tentera Madagascar mengumumkan di Istana Presiden bahawa pasukan pertahanan dan keselamatan telah secara rasmi mengambil alih kuasa negara.
Ketua pegawai tentera, Landrianirina, yang mengetuai pemberontakan kem di kem tentera sebelum ini, menegaskan dalam pembacaan kenyataan pengambilalihan bahawa tentera membuat keputusan ini kerana "perlembagaan tidak dihormati, dan hak asasi manusia dicabuli".
Kenyataan tersebut mengumumkan penggantungan pelaksanaan perlembagaan sedia ada, dan pembubaran semua institusi awam kecuali Dewan Negara, termasuk Senat, Mahkamah Perlembagaan Tertinggi, Suruhanjaya Pilihan Raya Bebas, dan lain-lain.
Kenyataan itu turut menyatakan bahawa satu badan peralihan akan dibentuk pada masa depan, dengan tempoh tidak melebihi 2 tahun. Dalam tempoh ini, satu referendum perlembagaan baharu dan pilihan raya akan diadakan untuk menubuhkan institusi kerajaan baharu.
Pada awal hari yang sama, Istana Presiden Madagascar mengeluarkan perintah melalui media sosial, mengumumkan pembubaran Dewan Negara mengikut perlembagaan. Naib Presiden Dewan Negara, Landrianasoloniako, mempersoalkan "kesahihan" pengumuman tersebut. Pada sebelah petang, Dewan Negara mengadakan mesyuarat khas dan mengumumkan keputusan undian memecat Rajoelina.
Sejak 25 September, Tananarive dan beberapa bandar lain di Madagascar telah mengadakan demonstrasi besar-besaran, membantah gangguan bekalan air dan elektrik yang kerap berlaku. Pada 11 Oktober, berlaku pemberontakan di sebuah kem askar elit di selatan Tananarive; sebahagian anggota tentera telah menyertai perarakan tersebut dan menuntut Rajoelina berundur. Pada 12 haribulan, unit tentera tersebut mengumumkan pengambilalihan kuasa tentera. Istana Presiden mengeluarkan kenyataan bertulis, mengecam "cubaan merampas kuasa secara ganas dan tidak sah" yang sedang berlaku.
Pada malam 13 haribulan, Rajoelina menyatakan dalam satu ucapan video melalui media sosial bahawa beliau telah berpindah ke "tempat yang selamat" kerana keselamatan dirinya terancam.